Существует два варианта:

1. Настройка по техническому заданию. Согласовывается ТЗ, оцениваются объем и срок выполнения, заключается Договор на настройку и модификацию системы. Этот вариант чаще используется при объеме работ на сумму от 60000 руб.

2. Периодические, небольшие по объему работ пожелания по настройке или доработке Системы, выполняются по Договору на техническую поддержку. Порядок цен - 2500 руб в час.

Важно понимать, что Кларис -конструктор бизнес процессов.

Запуск процесса обработки заявок, например,  2-3 часа - в практике часто.

Есть примеры, когда за 4 часа настраивали и запускали на производственных предприятиях:

• базу клиентов
• обработку заказов
• склад
• заказы поставщикам
• договоры

Случай оперативного внедрения, отзыв здесь http://www.altsoft.ru/about-altsoft/22-otzyv-ooo-promekovata
Есть примеры комплексной автоматизации. Порядок цен - несколько сот тысяч рублей.

Чтобы говорить конкретно - пришлите  описание  вашей задачи. Мы предложим варианты решения - от бюджетного до полного комплексного решения "под ключ".